《史诗幻想3》的故事发生在《史诗幻想2》完结后的几年,两位主角结识了新伙伴(貌似是不打不相识),三人组队成为了宝物猎人。某天他们发现了一古墓,里面的东西(Akron)看似还活着,主角们好奇地戳了他一下,Akron突然醒来,发出强大的震荡波将主角们震慑住了,并开始吸收他们的能量。幸好主角们能量过剩,没被吸完,醒来后发现自己在一个陌生的地方,于是他们开始了寻找装备和复仇(?)的旅程……
《史诗幻想3》游戏完成后,可以重新游戏,此时可以选择继承装备、等级等,而且永久属性的食物也能再拿一次。但是如此做难度便不能更换,想换难度就一切重来吧……怪物图鉴和成就是保留的。考虑到这里有幼龄茶叶,特此提示:游戏有部分细节比较邪恶,请幼龄茶叶们保持正确的心态看待这些内容。