苏联入侵阿富汗令美苏冷战更加恶化。在1984年,一名独眼,带有一支假臂的男子来到了这个国家。知道他的人称他爲Snake。之前的身份是一名传奇雇佣兵,随着时间的流逝被人遗忘。Snake之前曾被美国私人情报网络Cipher緻入昏迷。和Snake一起的是一个叫Ocelot的人,Ocelot是Snake的老友,当他醒后遭受攻击时救过他。
现在Snake的前搭档Kazuhira Miller被苏联在阿富汗的势力劫持。Snake必须单人执行任务去营救Miller,并向世界证明传奇雇佣老兵尚在人世间。
故事的第一步将是複仇之路-Cipher,此人杀死了Snake当年的很多战友。另外还要卷入一场”引起整个世界混乱“的战斗。《合金装备:零点地带》中点燃的一切,在5里必须了结。