《破晓九天》创世神盘古劈开混沌，分清浊乾坤，开辟破晓九重天，演变六道轮回，生生不息。盘古死后原神化为神尊，身体精血化为祖巫。神尊在九重天的最高天（钧天）创立天庭，立有天条，并由女娲神尊创造人族，赐予二重天（玄天）居住；祖巫则在四重天（幽天）掌管六道轮回，立有地规，六道轮回中的盘古精血随人族的轮回，附着于魂魄之上再生出来，便是拥有天生神通的巫族。
上古时期，人族和巫族共同居住在玄天。巫族自诩盘古正统，好战嗜杀，残害生灵。人族虽弱小，却拥有着强大的学习能力和仁道之意。为了争夺玄天的统治权，双方开展了漫长的战斗，最终由人族之主轩辕黄帝斩下巫族首领蚩尤的头颅告终。
可是巫族并未灭亡，残余的巫族余孽，集结了所有兵力一举攻上轩辕丘，人族即将面临浩劫！危急之时，你受神尊女娲托付，下界前来支援人族，一同对抗巫族大军。为了破坏神煞大阵，为了阻止蚩尤的复活，你与轩辕剑同行，踏上了前往玄天五极的旅途……
