拳皇98终极之战OL中的战斗系统包括于副本、金币副本和竞技场等,是游戏的核心内容。游戏副本分为普通副本和精英副本,有丰富的剧情带入感,真实还原拳皇系列的故事剧情。当格斗家进入副本战斗时可通过普通攻击、技能和必杀进行攻击,当满怒状态时向上滑动头像可以释放酷炫的必杀技能。当战斗评价为三星后,可通过扫荡方式完成战斗。
金币副本,是产出金币为核心产出之一,随玩家等级最贱开启6个难度,分别为简单、普通、困难、大师、深渊、死亡,每一个难度都可能出隐藏boss。同时,金币副本内会根据玩家伤血数获得一个分数,每天依此统计排名。
竞技场是玩家在游戏内实力的展现,玩家在获取更高的排名时会有钻石和格斗家奖励,同时在竞技场保持一定名次,每天可以获取大量奖励,排名越高获得奖励越丰厚。同时竞技场产出代币“荣誉”,可使用“荣誉”在竞技场商店中兑换格斗家、装备等道具。