传闻五百年前,圣女雨璃牺牲自己,封印神魔元神,但圣女始终是凡人之躯,无法像神后那样设下神魔封印,一部分神魔元神逸散出来,进入轮回。九天玄女预言五百年后,这些进入轮回的神魔元神必将受到命轮的指引,解开神魔封印,届时神魔之力重现人间,祸福难测,唯一的办法是指引这命定的转世之人踏上正道,从而利用神魔之力造福世间。
五百年后,当年雨璃封印神魔元神之处已化为仙岛,悬于九天之上,唯有命定中轮回转世的仙缘之人才可以降临仙岛。某日,忘忧岛上人声鼎沸,传闻中的仙缘之人降临,而历经了五百年的轮回,仙缘之人早已不记得修仙之道,仙岛众人指点仙缘之人修行之道。并斩灭心魔,将神魔元神中潜伏的魔君意识击败,解开了神魔封印。
雨璃的元神在五百年间与神魔元神合二为一,永生不灭,寄宿在仙缘之人的雨璃之戒中,只有当仙缘之人达到飞仙之境,才可以完全调用神魔之力,将雨璃的元神解救出来,为了提升自己的修为,仙缘之人告别仙岛,前往红尘俗世之中修行。(以下将仙缘之人称为“尚羽”)
仙岛封印既解,在幻梦古阵的帮助下,尚羽从仙岛踏入红尘,此地名曰青云岭。靠近圣城洛水,然而尚羽却遇见一名少女,少女声称遇到妖兽,希望尚羽帮助自己,尚羽不由怜意大发,本着除魔卫道之意,斩杀妖邪,然而青云岭本是一派祥和,何以出现此事?为调查真相,尚羽决定找出幕后黑手。
尚羽得知青云岭居然有一只千年修为的妖狐,料想此妖必定与青云岭之乱大有干系,一番打斗才得知妖狐并非元凶,妖狐缓缓告知尚羽自己对数百年前白帝的倾慕之情,并告诉尚羽真正的幕后元凶乃是千年恶蛟。
千年恶蛟实力超群,幸得众人联手将其封印于水洞天之中,千年恶蛟元神离体,被封印所伤,尚羽以逸待劳,重创恶蛟元神,并前往水洞天中,将恶蛟本尊除去。尚羽之名传遍天下,成为修仙界新兴俊彦。
尚羽前往洛水城,拜访洛水城主青帝灵威仰,灵威仰见尚羽天资绝佳,体内更是拥有极强的神魔元神,明白了尚羽身份,决定指点尚羽早日踏入飞仙之境,并诚恳邀请尚羽住在洛水城中。
尚羽在洛水城中交结天下英豪,得知天下大乱始于镇妖塔之变,镇妖塔内封印的妖帝穷奇修行通天,达到飞仙之境,引来劫雷,破开了镇妖塔封印,穷奇逃出生天,并决定集结天下群妖,攻入洛水城。尚羽告知白帝转世之身的下落,并意图打听出白帝生平往世。
尚羽寻找白帝遗物,帮助林远平恢复前世记忆,林远平告诉尚羽前尘旧事。原来五百年前,妖族与人类本是相安无事,直到妖族的延维解开了上古神魔封印,将魔君元神吸入自己体内,化为魔帝,人类与妖族爆发大战,在众多修仙者的努力下,最终打败延维,封印魔君,后世称为妖界之战。在此战中,白帝本着善心,放走了一大批年幼的妖兽,声称并非所有的妖族都是邪恶的,但受到众人的指责,最后白帝放弃飞仙修为,助雨璃一齐封印神魔元神,方才得到众人的认可,五百年后,白帝转世林远平,依旧不后悔当年的选择。
林远平恢复白帝记忆,发觉百花谷中隐藏着极强的妖之气息,尚羽与林远平以摄妖香,从狐媚娘口中得知,妖帝穷奇居然准备趁着洛水城主受伤之际围攻洛水,尚羽将消息告知洛水城众人,众人决心合力守卫洛水城。
尚羽鼓舞洛水城众人士气,并前往百花谷中将受伤的妖帝穷奇击败,举城士气大增,将围攻洛水城的妖兽击退,然而却发现依然有不少妖兽攻入镇妖塔中,取得镇妖塔之力,城主青帝觉得妖帝别有所图,似乎是故意收集镇妖塔内的神器之力。为追踪穷奇,尚羽决定踏入南诏。
南诏传闻是神后女娲后人守护之地,然而却发现大量妖邪作乱,甚至连女娲庙也受到妖邪入侵,女娲石神力被盗,尚羽惊觉,八大神器之力即将被妖帝收齐,穷奇竟然是想打开太一之阵,穿越时空获得神魔之力,为阻止穷奇得逞,众人决定设下小型太一之阵,林远平牺牲自己今生的记忆打开传送之门,然后尚羽终究晚了一步,神魔之力被穷奇获得,但在太一之阵中,尚羽拥有的雨璃之戒吸收了一部分的神魔之力,使得妖帝穷奇无法成为完整的魔帝。
妖帝打开水魔宫封印,以神魔之力唤醒上古被神后女娲封印的洪荒巨兽们,妄图使得天下大乱,尚羽收集天下奇物,运用体内的神魔之内将魔兽封印,雨璃告诉尚羽在人间已经找到了博爱之心与守护之力,需要找到的最后一件东西便可以得道,想要知道最后一件东西是什么,最好的办法是通过上古神器昆仑镜,昆仑镜可以照出人心中最重要的东西。
尚羽前往昆仑雪域,发现穷奇业已到达此地,昆仑镜下落不明,究竟尚羽能否达到飞仙之境,魔帝穷奇的阴谋何在,敬请期待梦幻飞仙。