重生细胞游戏内有自动存档功能，玩家可以在游戏菜单中退出或者强退游戏，无需手动操作。自动保存的缺点是无法回到之前的节点，使玩家有时没有退路，比如死亡后需要重新开始。如果能手动存档，问题就会减少很多。
重生细胞游戏没有存档文件，因为所谓的存档就是保留下线时的节点，对玩家的帮助不大。然而，如果游戏有手动存档功能，游戏难度将会降低很多。
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